Teza Doctorat

Synergy pierdere în greutate wilmington nc.

cum să scăpați în decurs de o săptămână

Modelarea probabilistică a combinațiilor de synergy pierdere în greutate wilmington nc personalizate din ecranul chimic integrat și din datele moleculare din sarcom fundal Pacienții cu cancer cu o boală avansată epuizează în mod obișnuit regimurile clinice disponibile și nu au rezultate medicamentelor genomice acționabile, lăsând o populație mare de pacienți fără opțiuni de tratament eficiente atunci când boala lor progresează inevitabil.

Pentru a aborda nevoia clinică nesatisfăcută de atribuire a terapiei bazate pe dovezi atunci când abordările clinice standard au eșuat, am dezvoltat o abordare probabilistică de modelare computațională care integrează datele de secvențare moleculară cu date de analiză funcționale pentru a dezvolta tratamente combinate specifice cancerului pentru pacienți.

Celulele derivate din tumora murină primară au fost alocate în modele de șoareci și folosite pentru a valida combinația personalizată cu două medicamente. Modelarea computațională a screening-ului medicamentului cu un singur agent și secvențierea ARN a mai multor site-uri eterogene din sarcomul epitelioid al unui singur pacient a identificat o combinație personalizată de două medicamente eficientă în toate regiunile tumorii.

Combinația eterogenitate-consens a fost validată într-un model de xenogrefă derivat din tumora primară a pacientului.

  • Абсолютно спокойные воды озера уже не колебались в том непрекращающемся биении, которое так изумило их в первый .
  • Если вы откроете мне свое сознание, я передам ему все, что вам хочется узнать.
  • Pierderea în greutate lagăre în michigan pentru adulți
  • Я могу добраться до Диаспара куда быстрей, чем, скажем, требуется, чтобы из конца в конец пересечь Лиз.

Culturile de celule derivate din sarcomul pleomorf al omului și al caninei nediferențiate au fost analizate prin screeningul medicamentului; modelarea computațională a identificat o combinație de două medicamente care abrogă rezistența, comună ambelor culturi celulare. Această combinație a fost validată in vitro printr-o analiză de regăsire a celulelor. Rezultate Abordarea noastră de modelare computațională abordează trei provocări majore în terapia cancerului personalizată: preziceri sinergice ale combinației de medicamente validate in vitro și in vivo într-un model de cancer murin conceput geneticidentificarea țintelor terapeutice de unificare pentru a depăși eterogenitatea intra-tumorală validată in vivo într-o xenograftul cancerului uman și atenuarea rezistenței celulelor canceroase și a mecanismelor de reîncărcare validate in vitro într-un model de cancer uman și canin.

Rapoarte de evaluare de la egal la egal fundal În ciuda deceniilor de synergy pierdere în greutate wilmington nc în tratamentul cancerului, peste Populația de pacienți cu cancer cu risc ridicat, în stadiu tardiv, recurent, rar sau refractar, care au epuizat căile clinice standard și nu au alte opțiuni de tratament reprezintă o necesitate majoră nesatisfăcută.

În plus, în multe cazuri, terapia cu un singur medicament nu reușește să asigure controlul durabil al bolii [4]. Un element critic care lipsește în proiectarea personalizată a terapiei cancerului este lipsa metodologiilor eficiente pentru predicția, proiectarea și prioritizarea combinațiilor de medicamente specifice pacientului, în special în prezența unui material limitat de țesut tumoral. Există numeroase abordări ale modelării computaționale a sensibilității medicamentoase și alocării terapiei, în parte pentru a aborda ambiguitatea în rezultatele secvențierii ADN-ului [2, 5].

Aceste abordări se bazează în primul rând pe expresia genelor [6] sau pe o combinație de date genomice și epigenomice [7]. După extragerea tumorii și stabilirea culturii, sunt generate date biologice de exemplu, screening chimic, secvențiere transcriptom, secvențiere exome, screening interferență siRNA și analiză fosfoproteomică și utilizate ca intrare pentru modelarea PTIM. Pentru a explica pe scurt reprezentarea modelului grafic, țintele A și B semnifică două puncte independente de eșec.

Țintele C și D denotă ținte paralele, care, în mod independent, nu sunt prezise a fi eficiente, dar împreună vor fi sinergice și vor duce la inhibarea creșterii celulare semnificative.

Țintele A, B și blocul paralel CD sunt în serie și pot viza căi independente. Blocurile de serie, atunci când sunt inhibate împreună, pot abroga mecanismele de rezistență la cancer malishka pierde în greutate eliminarea căilor independente.

Scorurile de sensibilitate model pentru combinațiile țintă de gene sunt utilizate pentru a proiecta și clasifica monitorizarea experimentelor de validare in vitro și de validare in vivo. A fost utilizată o porție nealterată a imaginii.

  • Достаточно сказать, что уже очень давно они научились хранить сами себя - или, точнее, те бестелесные образы, из которых они могли бы воссоздаваться.
  • В этом я уверен, -- ответил Олвин, ответил достаточно храбро, хотя Хедрон и уловил в голосе юноши некоторые колебания.
  • Țintă pierderea în greutate hr
  • В прежние времена там, наверное, было внутреннее освещение,-- задумчиво проговорил Хедрон.

Imaginea mouse-ului folosită este domeniu public și accesată prin căutarea de imagini Bing la următorul link: Imagine completă metode Stabilirea modelului celular Cultura de celule tumorale primare de șoarece de sânge U a fost stabilită dintr-o tumoare la locul său de origine într-un Myf6Cre, Pax3: Foxo1, p53, mouse-ul purtând rabdomiososcomul alveolar aRMSașa cum s-a descris anterior [20]. Proba de sarcom epitelioid uman EPS PCB a fost colectată de la un pacient supus rezecției chirurgicale planificate.

Probele din fiecare regiune au fost, de asemenea, trimise la Laboratorul Jackson JAX pentru stabilirea modelului de xenogrefă PDX derivată de la pacient.

Bine ați venit la Scribd!

Culturile au fost menținute la pasaj redus pentru a minimiza variația biologică de la tumoarea inițială a pacientului. Datele despre pacienți și informațiile clinice și patologice sunt păstrate într-o bază de date de identificare. Louis, MO. Lizatele au fost omogenizate și clarificate prin centrifugare la A, Sigma Aldrich și dezvoltat de chemiluminiscență cat. Linia celulară a fost utilizată pentru experimente direct după recepția liniei celulare.

Cu toate acestea, ambele linii celulare au fost verificate pentru pierderea INI1 în concordanță cu liniile celulare EPS. Liniile celulare au fost testate pentru micoplasma cu kitul de teste Lonza MycoAlert Plus. LT07—, Lonza Bioscience, Singapore.

Timpul de la operație până la implantare a fost de aproximativ 24 ore. Odată ce o tumoră xenogrefată a atins ~ mm 3, tumoarea a fost recoltată și împărțită în fragmente de 3—5 mm 3. Fragmente au fost implantate la cinci șoareci NSG de 6 - 8 săptămâni de sex feminin, pentru extinderea la P1. Alte fragmente au fost trimise pentru evaluarea controlului calității vezi mai jos.

В полупустынных зданиях на периферии Диаспара были сотни подобных мест. Скрытые силы поддерживали в них все в полном порядке. Возможно, когда-нибудь жизненный прилив снова затопит их, - пока что же этот старинный сад был секретом, которым владели только они вдвоем. - Нам надо идти дальше, - сказал наконец Элвин. - Это только начало.

Procedurile de control al calității utilizate pentru dezvoltarea modelului PDX au inclus testarea tumorii pacientului pentru LCMV virusul coriomeningitei limfociticecontaminarea bacteriană și conținutul celulelor tumorale. Detalii model disponibile online la: tumor. IHC pentru ki67 uman IR, Agilent Technologies a fost utilizat pentru a asigura că tumorile propagate au origine umană.

Încărcat de

Mai mult, țesutul a fost colorat cu vimentină IR, Agilent Technologies pentru a confirma originea umană. Informațiile despre model sunt accesibile publicului la adresa: Ecrane chimice Patru ecrane chimice au fost utilizate pentru a genera date funcționale de screening de medicamente.

Primul ecran a fost un ecran chimic personalizat cu 60 de agenți de inhibitori țintă bine caracterizați, care notează Pediatric Preclinical Testing Initiative Screen Version Versiunea 2. Concentrațiile chimice ale agenților din toate ecranele chimice au fost fie [10 nM, nM, 1 μM, 10 μM] sau [ nM, 1 μM, 10 μM, μM] în funcție de domeniul de activitate al compusului.

pierdere în greutate și credință

Cincizeci și patru din cele 60 de medicamente de pe ecranul chimic au un profil publicat de inhibare a medicamentului cuantificat. Cel de-al doilea ecran a fost un ecran chimic personalizat cu 60 de agenți, denotat Drug Screen V3, format dintr-o varietate de inhibitori de kinază cu molecule mici, inhibitori de țintă epigenetici și inhibitori ai ciclului celular.

Cincizeci și două din cele 60 de medicamente de pe ecranul chimic au un profil publicat de inhibare a țintelor. Al treilea ecran chimic a fost un ecran chimic GlaxoSmithKline cu acces deschis Orphan Kinome ecran GSK notatformat din de compuși noi și cu caracteristici nou-caracterizate [23], cu profiluri de inhibare țintă cuantificate de Nanosyn Screening and Profiling Services.

Interacțiunea medicament-țintă a fost evaluată la peste de ținte proteice pentru fiecare dintre cei de compuși.

pachet slabire life care pareri

Compușii au fost testați la concentrații de nM și 10 μM pentru a consolida valorile EC 50 țintă ale medicamentului. Ecranul final a fost un ecran chimic cu acces deschis dezvoltat de la Roche ecran denotat Roche format din de compuși inhibitori ai kinazei noi [24]. Compușii cu ecran Roche aveau un amestec de profiluri de inhibare a medicamentelor cuantificate sau calificate, deși profilurile de inhibare țintă ale medicamentului au fost disponibile numai pentru compuși sensibili.

Culturile celulare au fost placate în plăci cu de godeuri la o densitate de însămânțare de de celule pe godeu, pe concentrații gradate de compuși cu ecran de medicamente. Viabilitatea celulară a retete mediteraneene de slabit evaluată prin Testul de viabilitate celulară Luminescent CellTiter-Glo® cat. G, Promega, Madison, WI pe protocolul producătorului. Valorile IC 50 de un singur agent au fost determinate utilizând un algoritm de montare a curbelor de deal cu coeficienți de pantă variabilă de deal efectuate în Microsoft Excel.

Curatarea manuală și reajustarea rezultatelor a fost efectuată înainte de finalizarea rezultatelor. Cultura tumorii primare U a fost testată prin intermediul a trei ecrane medicamentoase: ecranul medicamentului PPTI, ecranul medicamentului GSK și ecranul medicamentului Roche fișiere suplimentare 1, 2, 3: figurile S1-S3 și fișiere suplimentare 15, 16, 17, 18, 19, 20, Tabelele S1-S7.

Not: n rezumat s-au pstrat notaiile figurilor, relaiilor i tabelelor din teza de doctorat. Modelarea i identificarea mersului uman pentru aplicaii de Realitate Virtual 5 Doresc s mulumesc domului prof. Doru TALAB, n calitate de conductor tiinific, care m-a coordonat i mi-a fost alturi cu sfaturi substaniale n realizarea tezei de doctorat. Totodat, mulumesc colectivului catedrei de Design de Produs i Mediu i centrului de cercetare Informatic Industrial Virtual i Robotic pentru suportul i ncrederea acordat, precum i tuturor celor care au citit teza, pentru comentariile i sugestiile lor, care m-au ajutat s-mi rafinez ideile i s subliniez contribuiile personale. Nu n ultimul rnd, a dori s le mulumesc prinilor mei, pentru sprijinul moral i material acordat necondiionat pe tot parcursul formrii mele.

Validările unui singur agent pentru a calcula eficacitatea medicamentului independent au fost efectuate în doze cuprinse între 5 nM și μM până la valorile dozajului IC 50 și IC 25 ; pentru experimente combinate, doza IC 25 pentru un agent a fost testată în combinație cu doze gradate 5 nM până la μM ale agentului complementar și invers.

Experimentele de validare a agentului unic și agentului combinat au fost efectuate la pasajul 5. Valorile CI au fost generate folosind instrumentul software CompuSyn.

Valorile CompuSyn CI au fost calculate utilizând setarea synergy pierdere în greutate wilmington nc combinație non-constantă [25] fișier suplimentar tabelul S Am efectuat experimente de validare în doze mici pentru a verifica mecanismele de acțiune sinergică identificate prin PTIM; dozele reduse ale agenților de combinație au fost stabilite la 5 ori valoarea EC 50 pentru ținta prevăzută nM OSI, 50 nM GDC Valorile CompuSyn CI pentru validarea synergy pierdere în greutate wilmington nc de sinergie au fost calculate utilizând setarea de combinație neconstantă [25] fișier adițional tabelul S U analiza secvențierii exome Mutațiile punctelor somatice au fost identificate utilizând setul de instrumente pentru analiza genomului [26] GATK, versiunea 3.

Citirile care au trecut filtrul de castitate Illumina BaseCall au fost utilizate pentru analiza ulterioară. Artefactele de mapare introduse în timpul mapării inițiale sunt realinizate utilizând IndelRealigner GATK, iar recalibrarea scorului de calitate a bazei pentru a regla empiric scorurile de calitate pentru apelarea variantelor a fost realizată de instrumentul GATK BaseRecalibrator.

Același procedeu a fost utilizat pentru procesarea atât a probei tumorale, synergy pierdere în greutate wilmington nc și a probei normale de coadă potrivite. Adnotarea variantei și predicția efectului au fost efectuate folosind SnpEff [29] folosind baza de date GRCm Doar variantele cu efect de impact mediu și mare sunt luate în considerare în scopul analizei și raportării în aval în cifre.

VarScan2 a fost utilizat pentru analiza variației numărului de copii ale datelor obișnuite ale tumorii pereche [30]. Instrumentul de mpileup Samtools versiunea 0. Genele din segmente cu media segmentului peste 0, 25 sau sub - 0, 25 și cu valoarea p sub 1e au fost numite synergy pierdere în greutate wilmington nc fiind câștigate sau respectiv pierdute.

Protocolul de analiză a variației numărului de copii s-a bazat parțial pe manualul de utilizare VarScan2 [31]. Analiza de secvențiere profundă a ARN U Secvențialul ARN a fost efectuat pe o cultură U cu pasaj redus și pe proba de control constând în regenerarea țesutului muscular de șoarece după o leziune a cardiotoxinei in vivo.

Până la două nepotriviri de aliniere au fost permise înainte ca alinierea citită să fie aruncată. Citirile aliniate au fost asamblate în transcrieri folosind versiunea Cufflinks 2. Expresia genică diferențială a eșantionului de tumoare vs.

CONTOR APA RECE, WPH-ZF DN ,PN 16, Qn = mc/h, clasa B, ZENNER | deilani.ro

Protocolul de analiză ARN s-a bazat în mare parte pe abordarea descrisă în publicația Tophat2 [34]. Expresia genică cuantificată este furnizată în fișierul suplimentar tabelul S9.

Analiza de secvențiere a exome PCB Mutațiile punctelor somatice au fost identificate folosind setul de synergy pierdere în greutate wilmington nc de analiză a genomului [26] GATK, versiunea 3. Același proces a fost utilizat pentru a prelucra atât proba de tumoare, cât și proba normală potrivită. Adnotarea variantei și predicția efectului au fost efectuate folosind SnpEff [29] folosind baza de date GRCh Doar variantele cu impact mediu și mare sunt luate în considerare în scopul analizei și raportării în aval în cifre.

Instrumentul de mpileup Samtools versiunea 1. Genele din segmente cu segmentul mediu reprezintă 2 abateri standard peste sau sub ± 0, 5 și cu valoare p sub 1e au fost numite ca fiind câștigate sau respectiv pierdute. Citirile care au trecut filtrul de castitate al software-ului Illumina BaseCall au fost utilizate pentru analiza ulterioară. Citirile brute cu capătul pereche pentru fiecare eșantion ARN-seq au fost aliniate la genomul uman de referință UCSC hg38 folosind Bowtie2 ca alinier cu citire scurtă [32] folosind, permițând două nepotriviri de aliniere înainte de alinierea citirii.

Citirile aliniate au fost asamblate în transcrieri folosind versiunea 2. Protocolul de analiză ARN a fost adaptat din abordarea descrisă în publicația originală TopHat2 [34] fișier adițional tabelul S Eficacitatea doborârii cu o singură țintă a 85 de membri ai familiei de mouse-tirozin kinază a fost efectuată așa cum s-a descris anterior [35].

  1. Он подозревал, что Хедрон уже знал это и был заинтригован, но не удивлен.

Ținte cu viabilitate două abateri standard sub medie au fost identificate ca ținte de importanță ridicată [35] fișier suplimentar Tabelul S Ecranul fosfoproteomic din U U a suferit o cuantificare a fosfoproteomilor analiză Kinexus fosfoproteomică, fișier suplimentar Tabelul S12cu toate acestea, rezultatele fosfoproteomice au fost inconsistente între replicile eșantionului și sunt astfel relegate la supliment.

Pentru identificarea țintelor proteice fosforilate diferențial, testele fosfoproteomice Kinexus, Vancouver, Columbia Britanică, Canada au fost folosite pentru a compara două lizați de celule duplicate din U cu două lizatele celulare duplicate din regenerarea țesutului muscular care acționează ca un control normal. Pentru efectuarea analizelor fosfoproteomice, 50 μg de lizat proteic din fiecare probă au fost etichetate covalent cu un colorant fluorescent proprietar.

Moleculele libere de colorant au fost îndepărtate prin filtrare în gel. După blocarea site-urilor de legare nespecifice pe tablou, o cameră de incubație a fost montată pe microarray pentru a permite încărcarea eșantioanelor aferente una lângă alta pe același cip.

După incubarea probei, proteinele nelegate au fost spălate. Fiecare tablă produce o pereche de imagini pe 16 biți, care sunt capturate cu un scanner laser Perkin-Elmer ScanArray Reader.

Cuantificarea semnalului a fost efectuată cu ImaGene consumul de kilojoules pentru pierderea în greutate. Datele de intensitate brută corectate în fundal sunt transformate în mod logaritmic. Scorurile Z se scad scăzând intensitatea medie totală a tuturor punctelor dintr-un eșantion din intensitatea brută pentru fiecare synergy pierdere în greutate wilmington nc și împărțind-o la abaterile standard SD ale tuturor intensităților măsurate din fiecare probă fișier suplimentar tabelul S Pentru estimarea seriei și a țintelor paralele, analizăm răspunsul celulelor canceroase la medicamentele cu un singur agent cu mai multe ținte cu seturi țintă suprapuse, dar distincte.

De exemplu, medicamentele care au aceeași țintă selectivă cum ar fi pelitinib și erlotinib, care sunt puternici inhibitori ai kinazei țintă EGFR pot arăta o sensibilitate diferită in vitro, care poate fi atribuită țintelor secundare biologice relevante ale medicamentelor. Cadrul pierde greutatea cu yokebe consideră țintele medicamentoase primare și secundare și generează grupări logice de ținte ca blocuri cu o singură țintă sau cu mai multe țintecare explică cel mai bine datele de răspuns ale ecranului chimic.

Încorporam acum informații secundare pentru rafinarea modelelor PTIM. Setul de medicamente reprezentat de un bloc individual este determinat de funcția obiectivă PTIM și algoritmul de selectare a caracteristicilor [14, 16] și depinde de intrările de date biologice la algoritmul PTIM. Circuitele PTIM constau din mai multe blocuri. În general, în timpul modelării PTIM sunt luate în considerare doar combinații de țintă de la unu la patru ținte.

Combinațiile a două ținte sunt reprezentate vizual de un bloc dreptunghiular cu două simboluri inhibitoare blocul T 2 - T 3. Combinațiile a trei ținte sunt reprezentate vizual de un bloc circular cu trei simboluri inhibitor blocul T 4 - T 5 - T 6. Combinațiile a patru ținte sunt reprezentate vizual de un bloc circular cu patru simboluri inhibitoare blocul T 7 - T 8 - T 9 - T